Damit gehört zum jüngsten Stadtteil Hamburgs (HafenCity) die Kirche mit dem ältesten Mauerwerk der Stadt; St. Katharinen trägt den Status eines anerkannten Kulturdenkmals nationaler Bedeutung.
Als Hauptkirche ist St. Katharinen eines der geistlichen Zentren Hamburgs und auch in ihrer Ortsgemeinde stark engagiert: Sie ist u. a. Mitbegründerin der Katharinen-KiTa in der HafenCity und kooperiert mit der Katharinenschule.
Als Universitätskirche ist St. Katharinen Treffpunkt für Studierende und Lehrende, zusammen mit der Evangelischen Akademie veranstaltet sie Diskussionsforen und Vortragsreihen zu aktuellen gesellschaftlichen und theologischen Themen.
St. Katharinen beheimatet drei Kantoreien: einen Chor mit über 100 Sängern, einen Senioren-Chor mit gut 30 Sängern sowie gemeinsam mit der Hauptkirche St. Petri die Hamburger Kinder- und Jugendkantorei mit über 100 Kindern. St. Katharinen fördert Musik und Kunstausstellungen und sucht so den Dialog zwischen Verkündigung und Kultur. Ihre 2013 eingeweihte, rekonstruierte Barockorgel wird nicht nur für Katharinen-Konzerte und in Kooperation mit der Hochschule für Musik und Theater vielfach genutzt, sondern auch von nationalen und internationalen Organisten hoch geschätzt.
Mit der Ernennung der heutigen Hauptpastorin und Pröpstin Dr. Ulrike Murmann 2004 wurde zum ersten Mal in der Geschichte der Hamburger Hauptkirchen eine Frau zur Hauptpastorin gewählt.